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第二日，皇帝派禁卫围了晋王府，在这件事情查清楚之前晋王府所有人都不能随意进出，晋王府上下被软禁于府。
经过对一些人的审讯，情况对晋王府越来越不利，不过晋王府上下却没有任何动作，都老老实实地奉皇帝的旨意在府中思过，而晋王的病也没有起色。每日卧病在床。汤药不断。
大约过了半月，病榻之上的晋王突然上了个请罪折子，折子上虽然没有直接承认奉先殿着火之事与晋王府有关，却承认了自己对下面的人督管失职。差不多就是变相地认下了罪名。折子末尾。晋王自请带着一家老小去给先帝守陵。今后未经朝廷传召，再不入京。
早朝上，皇帝当朝让内侍给大臣们读了晋王的请罪折子。并询问群臣晋王之事的意见。
一部分大臣觉得晋王虽然表面上认了罪，但是却有故意避重就轻的嫌疑，并没有就自己的罪行进行深入的交代，因此请求皇帝继续彻查。一部分大臣认为既然晋王已经认了罪，为了皇家的颜面着想，不如就允了晋王去给先皇守陵之事，以免最后令皇室和朝廷蒙羞。还有少部分人觉得，晋王一向忠厚本分，又很少过问外事，这件事就算与晋王府的某些人有关系，也定是下面的人偷偷做的，晋王只是收到了