又碍于与玄冥后土两女交好，故未手妖巫之争。其中，帝江遭仙道围攻而殒。经此一战，其余祖巫殒尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主），巫妖两族由此势弱。
巫妖一战，洪荒（即人间界）泯灭，碎片化成太虚星空、人间地球，因地域狭小，诸天修士迁移地仙界。
此后人教（太上老君所创，门下玄都**师、上洞仙等）、阐教（元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等）、截教（大弟子多宝道人，无当圣母等等）兴起。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为二教主。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭。
三清继承盘古大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族（人为女娲所造），人巫大战仍是不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂