王阿济格贼心不死，趁摄政王发丧之期，伙同祁充格、刚林、福亲王等人再度造反生变。平定后造幽禁。宫中有传言称福亲王等人谋反一事，全由上官耀华一手策划。为的就是除去这位辈分上压制着他的“义父”，一面防止他“咸鱼翻身”，再威胁到自身地位。
同月十日，礼部上顺治帝亲政仪注，十二日正式御驾太和殿。此番顺治再不如往日般逆来顺受，二月顺着剿灭多尔衮党羽，将谋反诸众一并尽诛。福亲王一死，上官耀华在宫中即刻如鱼得水，似乎也更证实了众人揣测。为此顺治却是未发一言，对他也以隐忍安抚为主。
十年后，董鄂妃逝世，顺治悲痛欲绝，这一回再无人在身旁宽慰，终于一蹶不振，毅然离宫而去。有人传说他果然在清凉寺出家为僧，也有人说他出宫不久，便即病逝。种种说法各不相同，此事更与庄亲王舒尔哈齐及太宗皇帝皇太极的死因并列为清廷几大悬案之一。
顺治离宫前，发布遗诏名曰“罪己诏”。首段说道：“朕以凉德承嗣丕基，十八年于兹矣。自亲政以来，纪纲法度、用人行政，不能仰法太祖、太宗谟烈，因循悠乎，苟安目前，且渐习汉俗，于淳朴旧制日有更张，以致国治未臻，民生未遂，是朕之罪一也。宗皇诸王贝勒等，皆系太祖、