攻下南京。发现国库已空，即派锦衣卫追查国库巨额金银财宝的去向。
直到永乐四年1406初，锦衣卫才探知，建文帝把国库金银运往福~建宁~德瑞迹寺和安仁寺。
朱棣当即命大将朱能之子朱武率兵一万，追至宁~德，将瑞迹寺、安仁寺团团围住，双方立即展开血战。经过一天一夜的激战，瑞迹寺、安仁寺的3000僧兵悉数战死，燕军也死伤2000多人。
瑞迹寺由于尸体太多，无法埋葬。负责清场的燕兵将领只得将尸体全数推下瑞迹寺山门前的山沟里，然后铲下两边山坡的草皮泥土，将其深埋，并将瑞迹寺、安仁寺僧人株杀殆尽，寺院夷为平地。
瑞迹寺因此役杀人太多，戾气太重，后来在重建此寺时，主持特意在寺中的放生池中沉入九个大缸，并每日必诵经以超度被燕军杀死的冤魂。
燕兵在瑞迹寺及周边掘地三尺，但始终找不到那一批宝藏。原来，郑熙将军早在两天前已接到飞鸽传书，知燕兵将至，遂遣心腹部将将宝藏全数运到南山深处掩藏起来了。
“后来朱棣和之后的明朝各代皇帝都派兵前往南山深处寻找。但始终都没有找到这批宝藏，渐渐的不再相信郑熙将宝藏藏在了南山，而是转移到了别的地方