简单，主脑运用自己的能力在大西洋海域引发剧烈的地壳活动，在大规模的地震和海啸中，亚特兰蒂斯岛永远埋葬在深沉的海底。这场灾难甚至影响到了整个世界，洪水所到之处，到处都是一片汪洋，只有少数建在高地上的文明才能够得以幸免，被历史保存下来。而亚特兰蒂斯这座城市却呈环形逐渐被卷入浩瀚无际的大海，渐渐消失在遥远的地平线以下。
那是在公元前九千年左右，世界上许多地方都被肆意横行的大洪水所吞噬，幸存下来的人们也用自己的方式永远记住了那次可怕的灾难。
后来主脑决定暂时不再运用自己的力量影响人类的发展，希望在自然的生存成长条件下，人类能够找到发展的平衡点。可是当人类再次开始研究各种可怕的战争武器及航天技术的时候，主脑却发现外太空的结界已经松动得很严重，也许用不了几百年，那么如同噩梦般的敌人就会再次出现在地球上空。所以，在不得已的情况下，主脑默许了人类这些违背制约的发展计划，希望在短暂的时间里，人类能够拥有和异星敌人对抗的能力。同时，主脑也开始进一步研究在上一次人类毁灭时留在自己记忆中的所有科技资料，希望能够制造出能够抗衡敌人的武器。
而星辰他们之所以能够找到这个基地，可