官吏未能很好的履行中央统治政策，反而激起了民怨，雍正五年，镇沅府署府事刘洪度，急于丈量土地，立法过严，致使“冤愤难堪，激发思 变”，土民聚众放火，烧毁了知府衙门，杀死了刘洪度，后辛亏鄂尔泰调兵平定骚，才没有酿成大祸。
但这件事给雍正帝和鄂尔泰触动很大，雍正帝在鄂尔泰的奏折中告诫到要重视官吏的考察和监督，及时发现官吏的不当措施，马上撤换或是治罪，避免事态的进一步恶化。
由于雍正帝对官吏的治理得当，在雍正一朝广大改土归流地区没有出现大规模的反抗斗争，较好的巩固了清政府的统治地位，创造了一段时间内的安定社会状况。
当然，在大规模的改土归流过程中，爆发局部战争是在所难免的，这一定程度上影响了当地的生产建设，在善后措施中，清政府着重恢复生产，建设民生工程，一方面可以起到巩固统治的作用，另一方面可以有效的行使国家职能，加大对改流地区的开发，这其中主要包括开垦荒地、建设学校和义学。
民以食为天，清政府鼓励土民开垦荒地，各县府都出台一些鼓励政策，例如保靖县对垦荒百亩以上者，重奖。
同时，清政府重视对土民农耕技术的帮助，鼓励内地农民帮