1612年(万历四十年)金筑安抚司土舍金大章请求改流，改金筑安抚司为广顺流官州。
1628年(崇祯元年)在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头(水东地区)地区设开州(今贵州省开阳)流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。
明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。
1495年(弘治八年)马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。
1573年(万历元年)明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。
1600年(万历二十八年)明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。
1623年(天启三年)由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。
明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。
1443年(正统八年)鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶