三年（1623年），魏忠贤便自任东厂提督；锦衣卫的都督则是他的干儿子田尔耕。厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒僇，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目”。
一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，