628年）擢右佥都御史，巡抚福建，海盗郑芝龙由厦门攻铜山，文灿招抚芝龙并任命其为海防游击征讨海贼李魁奇、刘香成功，彻底平定了东南沿海的海盗。
平倭有功为杨嗣昌所荐，文灿提出“五难四不可”，竭尽推托，崇祯仍委以大任。
崇祯十年四月，熊文灿任兵部尚书兼右副都御史，代王家祯总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。
后杨嗣昌建言“四正六隅、十面张网”之策，增兵饷大半，围剿农民军，“随贼所向，专任剿杀”。
初期此举颇见成效。
文灿督主军务后，明军连打胜仗，农民起义陷入低潮，罗汝才亦在其中。
崇祯十一年五月，文灿仍行前策招抚张献忠、刘国能投降，而张献忠名义上是归顺明朝，实际是向熊文灿催索饷银，屯兵数万于谷城，伺机而动。
崇祯十二年五月，张献忠再起，势如破竹，熊文灿因此次抚局失败而被捕入狱，次年被斩。
尸首运回泸州与其妻杨氏合墓葬于泸县兆雅镇新溪场下沿长江北岸刑家村薄刀岭。
叙永的东城北郊，有一道红土山岭由红崖山延伸而来，呈东西向走，自上而下直插永宁河心。山岭上从头至尾均