认知障碍，可以通过心理疏导、有阶段的心理治疗达到治疗目的，纠正病人的性别观念，让其能够接受自己的性别。而对于重症病人，病人无论如何也无法忍耐自己的性别，非要做变性手术不可的话，医院方面也是能够接受的，并且会推荐比较好的整形医院。
既然重症病人在改变了自己的性别之后就能够重返社会，过上正常的生活，那么何乐而不为呢？
听起来有点扯淡，但这是最有效的方法。精神科医生们的目的不是纠正某人的人生观价值观，而是尽量的让病人过上正常的生活。
可是这个手术，不是说做就能做的。首先，要精神科专业医师对病人进行长达五年的定期心理测试，通过不断的提问，观察，确定病人是否有严重的性别认知障碍，是否进行手术意愿强烈，而且在五年之中病人的变性意愿从未发生过改变，甚至不能有一次反复，精神科的医生才会在诊断证明和治疗建议上面签上自己宝贵的名字。
五年并不是谁都能等的。因此，现在很多想要变性但是没有钱、也没有精神评定的性别认知障碍者，会通过吃一些含雌性激素类的药物，去抑制自己的雄性激素，让自己提前变得“女性化”，也就是进行化学阉割，这些人在网络上被人称为“药娘”。