、发展地方经济上做出了重大贡献，封其为尚书令兼管户部，总掌全国政务。其下，左右仆射暂时闲置，由向朗出任吏部尚书，汉代名儒钟繇出任礼部尚书，徐庶出任兵部尚书，原上丰、石道二郡都督崔州平出任工部尚书。
商圣范蠡，以说服吴汉，为司马宇建言之功，出任门下省侍中，同中书令、尚书令三人共议国政。
由于朝廷初创，三省六部制刚刚确立，原本的南方王幕府官员和人才储备有所不足，在大量抽调了地方官员充任三省六部之后，仍存在着不少官职空缺和身兼数职的情况。
至于御史台则由原孔有德麾下刘玄初出任御史大夫一职，其下三院各官员则同样由各郡县官员抽调。
军制方面则采用募兵制，主要由中央军、水师南北营、各督军和地方郡兵四部分组成。
中央军由东南西北中五军、左右卫军组成。
其中，东西南北中五军仍旧保持原有的编制，东西南北每军5万人，中军6万人，李定国为征东将军、李牧为征南将军、秦良玉为征西将军、斛律光为征北将军、王彦章为中领军，均为正二品官职。
左右卫军则再次调整，均扩充至每军2万5千人，武松为左卫军统领，兀突骨为右卫军统领