赫赫天威之下的血腥廷杖也没能彻底压服官员，尤其是那些青年官员们对于新政的不满。在赵鼎等人舍生取义的精神激励之下，翰林院的词臣史官、都察院的御史和六科廊的给事中那些风宪言官率先从前期的意气之争中醒悟过来，上疏直指新政之失，六部各大衙门的青年官员也紧随其后，左一道疏右一道本地涌向通政使司，弹劾的对象由户部尚书马宪成而始，渐渐波及内阁各位柄国大臣，指责他们“不循正道事君，一意逢迎君上，行虐民之苛政”的论调虽如出一辙，但言辞越来越激烈，攻击矛头已隐隐指向垂拱九重的皇上。
更要命的是，根据朝廷规制，被弹劾的官员应该主动请辞。好在朱厚熜也知道这个规矩，在通政使司将第一份朝臣弹劾内阁阁员的奏疏转呈御览的第一时间就赶紧颁下口谕：“近日诸事繁杂，诸阁臣且安心办差，不得懈怠政务！”若无这样一道意思含混不清态度却十分明确的圣旨，只怕一夜之间，内阁权力中枢就要人去楼空，六部九卿各大衙门和两京一十三省的公务也不知道该向谁请示由谁票拟，大明王朝这部庞大的国家机器顿时就要停止运转了！
即便如此，勉力维持朝政运作的内阁阁员，以及六部等各大衙门上至部堂长官，下到郎中司员，都是人心惶惶