直接干预军事指挥。在这种以家奴治军的模式下，各地镇守太监与地方官府和边镇大将的关系自然是矛盾重重，相互掣肘更多于密切配合。去年以来，借着复设市舶司之机，朱厚熜将各地监矿、税使、采办、织造、监督仓场等太监相继撤回，将国家全部经济事务统一交由户部打理，下一步他就打算废除太监监军制度，但被吕芳所劝阻，因为这些太监是皇家伸向军队的触角，负有监督九边等重要军事重镇的职责，虽多有借助皇上的威信，随意干预军政事务或欺压军将、鞭挞士卒等不法之事，但对各统军将帅能起到一定的牵制作用，避免出现尾大不掉、拥兵自重的现象而造成藩镇割据之祸。朱厚熜也不好过分削弱一直对自己忠心耿耿的宦官集团的势力，就准了吕芳所请，继续保留了各军镇的监军太监。
吕芳见皇上怀疑到了宫里的人，忙解释说：“回主子的话，大同守备太监洪恩为人最是谨小慎微，断不会做出这等欺天之事，且他已被仇鸾所杀，消息是奴婢派到九边军镇的密探所报。”
最后一线希望也破灭了，朱厚熜更急切地问：“自大同至京师各处关口要隘守备军可曾参与？”
“回主子，目前还尚未得知，但依奴婢看来，各关口要隘军将素怀忠义，与那仇鸾逆贼也无过