醒悟过来，于九月十六日兵发三路，一路绕过宣府、洪州堡，攻破居庸关以西的白羊口后，直逼北京；一路两万人从古北口、密云出发；俺答与仇鸾亲率主力，攻破紫荆关，向北京进发。驻守各城池关隘的明军皆因积弊重重，导致兵疲将弱，战力低下，遇到兵强马壮的鞑靼大军皆是一触即溃，偶有死守之臣也因兵不耐战，也未能守，终致鞑靼大军一路直杀至京师，数十万百姓或丧生敌手或被掠为奴隶，侥幸逃出生天的也只能流亡异乡，山西、河北局势一片糜烂。
各处关隘的守军尽管未能完成守土抗战的使命，却用自己的血肉之躯迟滞着鞑靼军队的进攻，为北京保卫战赢得了宝贵的时间。包括河北和顺天诸府卫所军、漕军以及山东沿海备倭军士在内的十五万军队已相继赶往北京；从京城并顺天各府之中紧急征招的近五万精壮之士也已编练成军，目前京城已经聚集了近三十万的军队，正在日夜加紧操练，严阵以待敌人的进犯。
可是，明朝整军备战的过程也并不顺利。
京师营团军遇到的刁难只是其中一例，积弊难除的大明官场在国家风雨飘摇的危难之时，还发生了更为严重也更为搞笑之事。最让朱厚熜啼笑皆非的是，此事还是一直深得他信任和赏识的户部尚书马宪成和署