身翰林院文苑清流之列，更许其任庶吉士？这可是被人目之以“储相”，寻常二甲进士不经馆选也难有此殊荣，怎能如此轻易让这个素怀异心更有谋逆情事的普通举子占据一席之地？因此，当张居正遵圣命前去翰林院报到的当日，他便召见了张居正，悉心考究了他的学问。具体考究情况旁人不得而知，只是在那之后，徐阶不再质疑张居正入翰林院的资格，却叮嘱他不必再驰骛古典，浸淫于秦文汉赋唐诗宋词，而是要下功夫钻研朝章国故，以备日后为朝廷所大用。张居正不但背负着“逆臣”之名，进翰林院也是蒙皇上特旨开恩，因而备受同僚的歧视，受到徐阶这样的关怀甚为感动，遂对徐阶持弟子之礼。徐阶虽在公开场合仍对他不假辞色，但也默许了他这种“私附门墙”的行为，时常指点他的学问，令翰林院一帮清流官员很是不齿，私下里多有议论。
不过，除了翰林院那帮无所事事，终日吟诗弄文的清流词臣之外，没有人对张居正这个悻进之臣感兴趣，满朝文武大臣感兴趣的是他关于徐州叛军的情报。得知猬集徐州的八十万叛军不过是一群外强中干的乌合之众，那些文臣们都打消了心中的疑虑，不再公然反对整军南下的决策；那些武将们更是口沫飞溅地在朝堂之上大声嚷嚷机不可失，时不再来，若有迟