生了内讧，其后又爆发了益藩辽藩之间的亲贤之争，起初收买军镇造反的楚王朱厚纲、汉王朱厚憬等多位藩王和起意窥测监国之位的辽王朱宪也因而不知所踪，大概不是殁于兵乱，就是已被南都勋臣贵戚暗害了。叛军北上靖难，河南、山东两省皇室宗亲也多有附逆者，如宪宗第七子、就藩于山东青州府的衡庄王朱厚燆就跟着叛军一起逃到了江南，给了朱厚熜将他们一网打尽的理由和机会。
说起来，国家养了朱元璋的龙子凤孙近两百年，他们又肆意侵吞官田、兼并民田，一个个肥得流油，抄了他们的家，钱也有了，土地也有了，长期被皇室宗亲压迫盘剥的百姓得到解放，正好为全面推行新政，推动商品经济发展和资本主义萌芽奠定了人、财、物力的坚实基础。
文雅一点来说，大乱方能大治，江南叛乱为朱厚熜带来了推陈出新、锐意改革的契机；更直白一点来说，从朱元璋开始，国家就养了这么一大群猪，养了近两百年，到了中平守成的嘉靖时期，也该杀来吃肉了！
这段时间，随着平叛军的节节推进，取得平乱之役的全面胜利已是指日可待，朱厚熜的心思已经由军事转向了这件关乎大明王朝中兴伟业成败的大事之上。他命张居正为他查找历朝历代的典籍史册，搜集整理