解救困守孤城常州的江南游击军，嗣后两军合兵一处，由俞大猷统一指挥，会同闽、粤两省兵马很快剿平了分散于湖广、浙江、江西三省各州县的那一小撮负隅顽抗的叛军，并一路势如破竹地打到了广西、贵州。逃回老家的那些南蛮异族的土司家兵虽占有地利，却仍不敢与营团军正面对抗，逃匿到了深山密林之中。
朱厚熜原本就没打算为了追捕徐、汤、刘三位逆臣而对西南少数民族赶尽杀绝，更深知营团军不擅长山地作战，且兵士多为北方人氏，不耐南方澳热气候，担心把自己一手打造起来的百战雄师断送在蛮荒瘴夷之地，便颁布诏令，命营团军不必再行进剿，改为分部驻守于两广及湖广、贵州边境之地休整，推行联防保甲制，操练各州县守备军和民团；并打着方便日后大举兴兵征剿逆贼的旗号，命工部会同西南各省勘察，大张旗鼓地在各省修路，为节约民力，要求营团军抽调大部兵力予以协助。
营团军上上下下都不能理解皇上美其名曰“拥政爱民”的上谕有什么用意，但他们都是身受浩荡天恩之人，执行皇上的诏命向来不折不扣，就老老实实地投身祖国大西南的道路建设之中。之后不久，广东巡抚衙门奏报朝廷，盘踞于粤北大山中的一股土匪一向不服朝廷教化，啸聚山林，剪径行