盛宴上所发生的那一段不愉快的小插曲，丝毫没有影响东海舰队全军汇合的欢乐气氛，三日之后，东海舰队按计划举行了整军大典，营团军前军与河南卫所军正式编入东海舰队，按照皇上钦定的新式军制，两军被整编为东海舰队陆战队第一师和第二师。
嘉靖二十四年五月，朝廷组建平叛军挥师南下平叛，朱厚熜便命内阁会同兵部商议制订全国军制改革方略，兹事体大，分管军务的次辅李春芳和兵部尚书曾铣等有司官员遵循圣意拿出了方略，又数易其稿之后，发九边军镇征询意见并呈报本镇改制具体方案。九边军镇遵上谕将拟改方案陆续报来，经兵部审阅之后呈送御览。各镇边帅熟知兵事，明白政令统一，如臂使指的道理，对重建指挥体系并无异议，但都认为，军、师、旅、团、营、连、排、班各级军官将佐皆称为某长，恐引起混淆，奏请朝廷仍保留原有官名称谓。就连作为明军军制改革试点的禁军各部，也还是沿袭了指挥使、统领等旧称。
对于这些因循守旧的军将，朱厚熜也没有办法让他们明白这不只是一个称谓问题，而是明军迈向正规化的第一大步，只好睁一只眼闭一只眼。不过，如今新组建的东海舰队算是重打锣鼓另开张，自然也就不能再船行旧路。为此，朱厚熜特下