为“司令”。若将一个分舰队的指挥官就称为司令，明军的官阶品秩容易引起混乱，更难免会引起其他各军的嫉妒甚至不快。
此外，当初议定军制改革之时，内阁分管兵部的次辅李春芳就曾对“司令”这一称谓提出疑义，朱厚熜振振有辞地解释说：“所谓‘司令’之‘司’便是执掌、掌握之意；‘令’乃是朝廷之令之意，也便是说方面军、兵团之长乃是奉朝廷之令执掌所部兵马。司令司令，有令才有司，无令便无司，所司之事不过令也！朕以此为名，旨在提醒、告诫为将为帅之人不可忘记朝廷之令而挟军自用。”这样的说法当时把李春芳糊弄过去了，但从现在看来，却是作茧自缚——一个小小的分舰队，自然不必由内阁或兵部直接下令，而没有朝廷之“令”，他们还“司”个什么？
考虑再三，朱厚熜还是觉得现在还没到能将明军分拆为陆军、海军两大军种的时候，为了与其他各军保持一致，不致招来过多的非议和指责，惹出不必要的麻烦，他不得不搞出了这么一个土洋结合、古今混用的大杂烩，如同九边重镇统军大将仍称总兵一样。
不过，朱厚熜力排众议，命兵部下令东海舰队，摒弃了原来以天干地支为每条战船命名编号的作法，授予每条军舰船名，新的船名采用