皱着眉头想了半天，朱厚熜也没有下定决心，就反问道：“肃卿，那依你之见，总参谋部该归于哪个衙门掌管？”
说真的，高拱也感到此事非常棘手，一直不敢具本上奏朝廷也正是因为如此。但皇上既有所问，他也不敢隐瞒自己的观点：“回皇上，这段时日臣一直在思考皇上所说的总参谋部的职权，若以其负责调动、指挥及统管全军操练校阅诸事而论，与兵部职方司倒有几分相近……”
朱厚熜明白，高拱提出这样的建议，自然是出于以文统武的习惯性思维，但确实也是大明军制的实情。
明朝的兵部虽只是六部之一，而且，按吏礼户兵刑工的排序，兵部在六部之中排名还在下半区。但是，其职权范围之大，绝非后世国防部可以比拟，甚至可以说是几乎相当于朱厚熜原来的那个时空的中央军委。其下所设的武选清吏司、职方清吏司、车驾清吏司、武库清吏司四司，简直就相当于中国人民解放军的四大总部。对于四司的优劣，官场中人有段顺口溜形容得最为贴切传神：“武选武选，多恩多怨；武库武库，又闲又福；车驾车驾，不上不下；职方职方，又穷又忙。”
在这四司之中，武选司负责全国武职官员遴选、简任和考功，与吏部文选司一样，权