至于民政方面，值得高兴的事也是层出不穷，其中更有两件，都是朱厚熜认为功在当代，利在千秋的大喜事。
一是嘉靖二十七年春节前年，首批冬运漕粮税银安然抵京，没有翻一条船，没有死一个人。朱厚熜高兴之余，下旨永久停止春秋季的漕运改为冬运，彻底废除了“春秋两季兑运漕粮”的祖制。
明成祖朱棣迁都北京之后，江南钱粮赋税就要分春秋两季，通过京杭大运河解运北京，供京师和北边官军之用。但解运漕粮之时恰逢大运河春洪秋汛，每年总有十余条槽船、数以百计的漕军殁于水患，损失漕粮少则十几万石，多则二三十万石，从来都没有如数收缴过。自嘉靖二十四年起，朝廷抄没了薛林义、陈以勤一干逆党要犯的家，手头上有点余钱，朱厚熜与户部尚书马宪成、工部尚书林之诠商议，拨出专款整修漕河，于江淮上游修建多处蓄洪湖泊船闸，一为防汛，二为调节水系，于冬季枯水季节开闸放水，保证漕船航行之必需水位，前后花了两、三百万两银子，经过三年整治，已初见成效。去年冬季，工部侍郎兼河道总督、河道整修工程总管尤嘉缘大胆奏请朝廷改春秋兑运为冬运。漕运关系国家命脉，朱厚熜当时实在是捏了一把汗，后来考虑到冬季是商业运输的淡季，如果能