重视进一步强化秦汉开始形成，唐宋得到加强的中央集权、地方分权的原则和传统。洪武十年，在都察院分道设置了巡按御史。由此而始，巡按御史逐渐成为中央对地方的主要监察力量和都察院在各地的派出机构。宣德五年，为了解决都指挥使（管军）、布政使（抚民）、按察使（执法）的一省三司不相统属，相互掣肘，以致怠废政务的问题，在各省或某重要地区设立巡抚一职，由朝廷委派都察院官员“巡行天下、安抚军民”，初设之时只是在本省“往来巡抚”，与布政司合署办公。景泰、天顺以后，各地巡抚陆续开府建衙，虽仍为隶属于中央的都察院官员，却在实质上已成为牧民一方的封疆大吏，并逐步成为地方最高军政长官，巡抚衙门成为新的省级权力机构，统辖三司。
尽管在景泰四年以后，巡抚均挂都御史衔，但是，巡按御史并不是对巡抚，而是直接对中央都察院负责，在履行职责时仍保持独立性，巡抚不得干预，但巡抚所行之政，巡按却可查核纠劾，在巡抚和总兵、中官及三司、郡县官发生互讦时，也由巡按御史勘核上闻。成化十八年五月，命巡按御史每年将镇守总兵和巡抚都御史的政绩奏上听勘。嘉靖十一年朝廷重定抚、按职掌时又明确规定：“其文科武举，处决重辟，审录冤刑，参拔吏