弊端：比如，蒙古各部不断提高马价，以劣马充好好，或强行搭配出售；各部酋首则对馈赠的要求越来越高，需索无度，国家财政日渐有不堪重负之感。而明朝这边商民也贪图厚利，擅自抬高货价，以次充好，边镇官吏也趁机克扣勒索，两族因贸易引起的纠纷和摩擦时有发生，经常由小摩擦发展成大的武装冲突。
对于蒙古各部，明朝手中的制约武器是停止互市，但停止互市，要有足够强大的武力做后盾，这是承平日久的边镇驻军所不能胜任的；而且边境不稳，边镇主军和各省客军常年疲于应付，不但耗费了巨额军费开支，更不利于整军备武。而明朝停止互市之后，蒙古各部就以武装掠夺为报复手段，但武装掠夺的代价很大，也不能满足各部真正的需要，战争的结果是两败俱伤。因此一段时间的战争之后，接着又重新要求开市。从宣德之后至嘉靖之前的一百多年，历代都是如此周而复始。
嘉靖年间，由于承平日久，吏风大坏，导致军备废弛，边防松懈，蒙古各部便乘虚而入，时常纵兵骚扰边境，嘉靖皇帝便因噎废食，禁绝了马市，下诏曰“各边马市悉行停止，有敢言开市者斩！”从此兵连祸接，北部边境永无宁日，边地军民死伤无数，边镇屯田破坏殆尽，九边军费开支日渐加重，国家