部尚书，是当然要随行的；次辅李春芳留守京城，是因他分管军务，有协调诸军、节制九边拱卫神京之责；李春芳留守，自然要留徐阶与他一道执掌朝政，而与他同为夏党要员的马宪成就得随圣驾出巡。这也能说得过去，江南三大政：漕政、河政和盐政，说起来都是财政，马宪成这个内阁学士兼户部尚书怎能不随行？
内阁辅臣确定之后，御前办公厅几位秘书，尤其是高拱、严世蕃和张居正三人谁随行谁留守也就很好确定了——严嵩随行，严世蕃就要留在京城，既能帮着皇上监督朝政缺失，更能帮着他爹监视朝中夏党俆党不出乱子；此次南巡，重点要考察江南商贸发展，高拱和张居正这两位日后注定要主宰大明航船破浪前行的人物，就要利用这个机会，好好考察学习了。
不过，几位太监谁随行谁留守，就让朱厚熜颇费了一番脑筋——按他的一贯做法，自己出巡，一定要把对自己最忠心的大伴吕芳留在京城，暗中掌控全局，监视群臣。但是，吕芳是嘉靖帝从湖广安陆带到京城的藩邸旧人，几十年也难得回上一两次老家，怎能不让人家去给老主子兴献王上一柱香？为此，他不得不把司礼监两大太监掌印陈洪和首席秉笔黄锦都留了下来，指望他们合二人之力，打理内廷，监视外朝，确保大明