不但海外诸多藩国一再突破明朝规定的贡期、贡物和贡使人数等诸多限制，积极前来“入贡”；更有不少外国商人假冒贡使之名，将本国商品货殖大明。为了区分官方朝贡贸易船和民间走私船，明朝对于诸多藩国实行了勘合贸易制度，只有携带本国政府上呈天朝的“表文”（即国书）和明朝开出的朝贡勘合，才能前来大明入贡和贸易。这样的表文，要盖有明朝赐给该国国主的金印。礼部主客司将其与留存的金印印模对照查验，确认贡使的身份。
嘉靖二十四年，朱厚熜借着动员海商协助朝廷运兵平定江南叛乱之际，废弛海禁、开放海市，对于其他国家都是敞开贸易，不管是大明海商，还是外国海商，只要照章纳税，就一律准允，也不限定在某一口岸交易，以此大力推动海外贸易，促进商品经济的发展。唯独对于日本，却仍遵循前朝旧制，限定在宁波一地通商，贡使也必须持有天皇给予的符验作为凭据，方能获准进入大明采办货物。这么做，表面上的原因是因为日本两个藩国大名大内氏和细川氏曾于嘉靖二年爆发“争贡之役”，导致朝廷决议罢撤市舶司，终止了对日贸易。如今虽说废弛海禁，但朝中仍有许多人对此心有余悸，认为应该对倭国加以限制并加强管理。其实，这其中还有更深层次的两个原因：