照例命人将船上的财物洗劫一空，并把俘获的夷人和船只一并带回了马六甲军港。
战报转奏御前，朱厚熜却大发雷霆，一来当时已经定议要俞大猷率中朝联军远征日本、讨伐倭奴，为了避免成军不久的大明海军陷入两线作战的不利境地，不宜在南洋与另一老牌的殖民帝国西班牙再燃战火；二来考虑到葡萄牙人被赶出亚洲之后，急需西班牙人来填补这一空白，源源不断地把大明所产的丝绸、瓷器和茶叶等商品销往波斯、印度乃至欧洲大陆诸多国家，更不宜和西班牙人开启战端。于是，朱厚熜就与严嵩、严世蕃父子两人商议了三条善后之策，一是把那些被徐海船队俘获的西班牙人全部放回去；二是赔偿西班牙人船队的一应损失；三是赏赐大量产丝绸、瓷器和茶叶等方物给西班牙人，以示抚慰。由于西班牙人已经把触角伸向了亚洲，在爪哇设立了官署，朱厚熜又给严世蕃加了礼部侍郎衔，派他出使爪哇，与西班牙人谈判，商议两国和平共处、友好通商等事宜；还暗示严世蕃，办好了这件差事，就让他入阁拜相。尽管严世蕃担心那些夷人未必能遵守“两国交兵不斩来使”的礼仪，害怕自己有去无回；却碍于圣命难违，更贪图皇上许下的入阁承诺，遂于当年十一月份启程前往爪哇和西班牙人谈判，前后历时半年