秘密活动的人员，等同于后世所谓的忍者；并且，如今的日本正处在战国时代，群雄逐鹿，相互攻杀不休，各位战国大名、领主都需要有人来为他们做这些秘密勾当，忍者这一特殊的职业得到了很大的发展。可是，他们此时却并不被人称为“忍者”；甚至，根据受雇的主君之家所不同，称呼也是五花八门，最流行的说法，则是由此刻正与中朝联军对峙于伊贺的倭人联军总大将、甲斐武田氏家主武田信玄所创，名曰“乱波”。“忍者”这个称谓，一直到了德川家康摘下织田信长挖坑植树、丰臣秀吉浇水施肥而结出的桃子，结束了日本战国乱世，建立了江户幕府之后，才正式确立下来；但在同时，由于国内长期处于和平时期，忍者失去了活动的舞台，作用也越来越小，渐渐地淡出了人们的视野，许多忍术也因而失传，只是在电影电视、动漫作品之中大放异彩，骗一骗类似于嘉靖帝朱厚熜那样对历史一知半解的幼稚家伙。
其次，忍者并非单一层级，又分为“上忍”、“中忍”、“下忍”三个阶层。“上忍”，又称“智囊忍”，专门筹策整体作战计划；“中忍”，是实际作战时的指挥头子，当然忍术也得超群出众才行；“下忍”，又称“体忍”，相当于现代的特战部队，是在最前线实际作战的忍者。三者之间