回到了京都。那位被三好长庆扶持起来的幕府将军足利义昭逃到了附近的山中，被自己的侍卫绑缚献给了足利义辉。按他的罪过，原本难逃一死；只因他是足利义辉的一母同胞的弟弟，足利义辉不忍手足相残，便责令他出家为僧，终生陪伴青灯古佛以偿赎自己弃家叛兄的罪过。
跟去年大明镇抚司日本情报网一行人秘密潜入京都，“恭请”天文天皇移驾九州之时所看到的一模一样，京都果然一片荒凉破败、盗贼横行的景象，甚或还有白日打劫、当街行抢之人。即便是那些当年曾经南下平叛，亲眼目睹大明留都南京遭受战火洗礼、乱兵洗劫的惨状的第二军将士也为之震惊。戚继光遂分出一部兵马整肃法纪、维持治安，另拨一部兵马清理废墟、整修道路。不数日，京都盗贼绝迹，街上丛生的荒草也被清除干净，虽说彻底修葺还要等到幕府将军足利义辉发出诏命让各战国大名出人出钱，毕竟有了一点京城的模样。
战乱之秋，城头变幻大王旗是十分寻常之事。普通百姓只求得一家老小安定宁静的生活，未必会在意到底是谁来统治。眼下明国大军进驻京都，虽然还说不上乐业，至少能够安居了。因此，京都民众对于异族大军的到来，非但没有抵触情绪，反而觉得是件好事，不愧为泱泱中华天朝上