正式公布《夏商周断代工程一九九六—二〇〇〇年阶段成果报告（简本）》和《夏商周年表》以后，其中结论已被不少主流的词典和教材采用，开始产生影响。
不过，来自中国国内和国际的批评不绝于耳。
某些国外人士认为夏商周断代工程有“政治背景”，是中国政府在搞民族主义，有一些学者还对该工程的“学术道德”产生怀疑。
2ooo到2oo3年进行了三次辩论，通过互联网进行。
最主要的一个争论，就是夏是否存在，夏商周断代工程不仅相信夏代的存在，还列出了夏代各王的世系表。
对此，不少西方学者持怀疑态度。
在西方有关中国古代史的教科书中夏朝只是传说中的一个朝代而非信史；而商朝被认为是中国的第一个朝代，这是因为甲骨文证明了商的存在。
有些西方学者批评“工程”想当然地视夏为商的前朝并定二里头为夏都，在目前情况下证据尚未充足。
一些西方学者则认为，周代文献中论述的夏人的活动很可能是周人出于政治目的而编造的，不能尽信。
再则，二里头文化的水平还不足以证明“文明”（一般指有文字、城市、政府、贫富不均的