出现广泛的神 秘脱衣现象、“死、伤者皆裸体”，及许多衣服被刮到西山，挂在树上，落在昌平州教场的衣服成堆。王恭厂大爆炸与印度“死丘”事件、1908年6月30日俄罗斯西伯利亚通古斯大爆炸并称为世界三大自然灾难之谜。
地震出版社图书《王恭厂大爆炸》第一部分“王恭厂灾史料辑录”的“灾前后异常现象”摘录很多谈什么灾前多处火神 庙火球滚出、火神 像自己移动。这种迷信说法不科学。
现代学者们的新论多。有人认为是地震引起的，有人说是**自爆、也有人认为陨星坠落，认为隐火山热核强爆有之，认为是由地震、**及可燃气体静电爆炸同时作用亦有之，更有甚者，认为是外星人入侵、ufo降临等。但每一个观点都没有摆出无可辩驳的证据，使人完全信服。有以下四种说法：
地震说——
北京地区历来地震频繁，仅明代就大小震百余起。天启六年五月初六灾变虽官方未明确为地震，但灾变前后种种迹象与地震前后现象有许多相符之处。且史书文献中与地震有关的记载也很多，如：“大震一声”、“余震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”故可推断，这场王恭厂灾变，是因地震直接促发**库而引起的。