以自身威望将洪荒万族凝聚一体称为妖族，开创旷古绝今的无上霸业，妖族问世后，东皇在不周山大日神宫建立了天庭，与兄长帝俊并列登基为天帝，自称东皇，立天规律法，乃三界正统至尊。
然而水满则溢过刚易折，天庭的辉煌与权威笼罩洪荒，令当时道行未成的伏羲神王兄妹都不敢与天庭太过于争锋，洪荒万族只知天庭东皇，不知神王。
他的强大终于引起了盘古大神的心疑，只可惜当时东皇太一乃是天地承认的天帝，气运加身之下，哪怕盘古大神是创造世界的存在，也依然没办法轻易废立一个天道承认的天帝。
为了谋取世界的主导权，盘古大神开始暗中蛊惑自己血脉所化的巫族，致使一直诚服妖族的巫族开始造逆，在盘古大神的支持与帮助下，巫族之主十二祖巫正式向东皇天庭宣战，巫妖大战最终爆发。
巫妖大战过程中，东皇以及诸多血亲先后战死，为保护妖族生机，东皇无奈将万妖幡赐予女娲，在诛杀八大祖巫后，东皇也随之消失。
这也为日后古神们联手击杀盘古大神埋下了伏笔，在这场恐怖的战争之中，东皇太一可以说是出力最大的几个人之一，甚至为了成功，他不惜动用秘法，付出了将自己的修为硬生生从大罗境界下