未兴建宫室。
后来朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城。
由于人力物力，全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止，此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修。
洪武八年(1375年)朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京，但由于选址有限，虽然经过几次修建，却也并未增设多少殿宇。
建文四年(1402年)，燕王朱棣攻破京师，建文帝出逃，马皇后在宫中自焚而亡。
朱棣即位后仍居于南京皇宫中，但同时下令以北平为行营，准备迁都。
永乐十八年(1420年)，北京宫殿建成，次年朱棣迁都北京，此后南京宫殿不再使用，但仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。
崇祯十七年(1644年)，朱由检在南京重掌政权，此时的明皇宫内，大多殿宇已经坍毁无存，南京太庙也早已被焚毁。
朱由检又是个生性节俭之人，仅仅对皇宫进行了一些简单的修复工作，便在此住下，可谓是寒酸之极。
然而这样的“豆腐渣”皇宫，距离外城又太近，如何抵御清廷的火炮？