扬州城破当日，刘良佐亲眼见识过多铎的狠辣，他心中有愧，不愿提刀残杀汉民，但更不敢违抗多铎的军令，最终只得率领一万降兵，慢悠悠地往江阴县城进发。
等刘良佐率队赶到江阴，天色已晚不适合攻城，于是只好作招降书一纸，从东城外射进。
江阴军民公议后，回书拒绝，刘良佐见劝降无效，便趁夜派兵，四处逮捕城外义兵，企图断绝城内军民外援，逼迫对方降清。
而江阴城内，林之骥深感自己缺乏军事组织才能，于是与众人一番商议后，推举阎应元代替自己领导义军守城。
阎应元明白事态紧急，也不推辞，立即把全城的户口，分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。
同时任命武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，阎应元自任守北门，他和陈明遇还兼负起，昼夜巡查四门的责任，对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。
而知县林之骥则继续坐镇县衙，统筹后方。
为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士，负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。
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