同年，黄得功驻军定远，张献忠攻占桐城，挟持营将廖应登到城下诱降。
黄得功与刘良佐联合兵力，在鲍家岭打败闯军，黄得功在战斗时中箭伤了脸，反而更加勇猛，同贼兵转战十多天，他领导的那一部，所杀伤的敌军数最多。
崇祯十五年年，黄得功移守庐州，农民军攻陷庐江、凤阳两郡县。
黄得功奉皇命在定远县镇守，当时张献忠匪帮暗藏在英山县、太湖县之间，黄得功用五千骑兵前往镇压他们，在石牌与他们相遇。
有了之前的遭遇，张献忠对黄德功很是畏惧，听闻来人是黄德功，根本不与之接战，而是转身就逃。
黄得功领兵一路狂追，与张献忠本人最近的距离，甚至不到一尺左右，黄德功想要活捉对方，所以没有释放冷箭射杀，结果阴差阳错之下，反而被对方逃掉。
最终黄得功只接管了张献忠所抢掠的一万多平民百姓，命令他们各自回到家乡，把武器、辎重收归朝廷。
崇祯十七年年，黄得功又讨伐平定叛将刘超，被封为靖南伯。
崇祯十八年年，年仅三十九岁的黄德功，于九江境内击溃左梦庚叛军，并及时率军回援南京，被朱由检再次加封为靖南侯，与李鸿飞的爵位平齐。