检忽然觉得，貌似自己来实施，同样也能达到这个效果，为什么一定要让李鸿飞来实施呢？
不过既然是李鸿飞想出来的，由他完成前面的步骤，由他去得罪士大夫阶层，由他去背这个黑锅，似乎也是个不错的选择。
于是朱由检便在这杀与不杀之中摇摆起来
当李鸿飞得知朱由检的真实意图后，也是十分吃惊，不过他没有表现出来，吃过一次亏的李鸿飞，不在寄希望于朱由检良心发现，而是将之前的正面对抗，转为秘密发展。
朱由检利用李鸿飞完成初期的改革步骤，顺便清除东林党人的威胁。
李鸿飞同样将计就计，不断找朱由检索要权力，索要资金，快速发展自己的势力。
未免提前暴露自己的意图，甚至连郑成功一再提出的“清君侧”计划，都毫不犹豫地推掉。
果然，从两人刚刚回到南京，朱由检就向李鸿飞询问郑成功一事可以看出，要么郑成功有问题，要么郑成功身边的人有问题。
所以这次兵变，李鸿飞压根就没让第三集团军参与其中。
李鸿飞在南巡期间的表现，让朱由检放心不少，加上刚一回京，李鸿飞便提出了土地兼并问题，这让朱由检的杀心再次降低。