制度，即便谁有尚方宝剑，但要杀三品以上大员也必须上报朝廷，毛文龙官拜左都督、总兵、赐尚方宝剑，不仅在三品以上，且同样是有尚方宝剑的节将，别说是杀，要节制都需要中央协调，而节将杀节将更是明朝几百年来从未有过的事情。
崇祯让袁崇焕出关时分别收回了王之臣和满桂的尚方宝剑，但却没有收回毛文龙的，这就是不让袁崇焕干预东江镇的事情。
可最终结果，袁崇焕未做任何报备，便直接罗列了所谓的“十二条罪状”，于崇祯二年（年）六月五日在双岛杀了毛帅，并用自己的亲信接管东江镇。
这其中缘由，按照王国兴所说，都是朱由检直接授意的，而所谓的毛文龙“十二条罪状”，也是锦衣卫帮忙罗织的。
袁崇焕于六月五日杀了毛文龙，之后便在崇祯二年（年）十二月初被捕入狱，时隔仅仅半年而已。
袁崇焕的罪名是：谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虏约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在效，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿！
这其中有一个罪名，便是斩帅以践虏约。
可以说袁崇焕如果没杀毛文龙，朱由检