內河和外河两条，外河较宽，成为南京南西二面的护城河，在定淮门附近汇入长江。而内河是在通济门附近从外河分出，流入城内。而内秦淮河在南京城內的淮清桥处，又分为南北两条河，靠南的一条，也就是著名的十里秦淮，从三山门流出内城，汇入外河，靠北的一条叫古运渎，是从三山门和石城门中间的地方流出內城，汇入外河。
另外南京城中还有御河、玉带河、珍珠河、金川河等数条河流，而且全都相通，构成南京的水糸。
南京皇宫虽然位于城市的东面，但却是整个城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算淸军攻入城中，但只要皇宫不失，就表示南京还没有失守，因此城市战也是以皇宫为核心展开。当然还要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名议发号施令。
现在玄皇教己经把夕颜安插到朱由崧的身边，还有在皇宫中安排了不少人手，可以说基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他们争皇宫的控制权，因此也把整个皇宫，以及外围的防守任务都交给玄皇教付责。而整个驻守的区域包括南面的正阳门和通济门，和承天门外的全部地方，东边的朝阳门和皇宫西侧的西皇城根大街和通济门大街。保证有足够的出口，在危急的时候能够平安撤出南京城去。