恨他过于逢迎求宠，也不让他入班。结果让孙之獬夹在中间进退不得，狼狈万状。还被多尔衮申䜣了一顿。
谁知孙之獬在羞恼之下，第二天又上书朝廷，称：“陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束发之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！”
而在几天之后，多尔衮代表清廷正式发下了剃发令，并传谕各地：自今布告之后，京城内外限旬日，直隶各省地方自部文到日亦限旬日，尽令剃发。遵依者为我国之民；迟疑者，同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。
同时清廷又下，加封孙之獬为兵部尚书，并奉旨招抚山东各地。