将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
第五部是总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
第六部是训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。第七部是资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
第八部则是诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
石井的细菌部队除了平房本部即部队外，还有个支队：
部队（林口支队）：设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。
部队（牡丹江或海林支队）：设于海林镇，支队长尾上正男军医少佐。 部队（孙吴支队）：设于黑河市孙吴县，支队长西俊英军医中