军事方面，遵从吴越的指令，兵分两路入滇的湖南吴军江忠济部和四川吴军李续宾部，也已经在云贵清军的帮助逼近了云南贼军的老巢大理城，贼杜文秀一边负隅顽抗，一边寄书乞降，表示愿意帮助吴军攻打清军。然而吴越闻讯之后却断然拒绝，仍然命令吴军全力攻打大理，不惜代价歼灭大理贼军主力。
最终，在祺祥元年的正月初五这天，吴军将士终于还是用地道攻城战术炸开了大理城墙，攻入了大理城内，杜文秀服毒自杀，事前得到过吴越洗劫全城允许的吴军将士大开杀戒，基本歼灭贼军主力，平定了云贵境内规模最大的贼军。
大理战事结束后，吴越当然是在第一时间抽调李续宾和江忠济这两支军队北上，返回湖南境内休整，兼职镇守地方，轮换湖南吴军主力北上湖北，准备向满清朝廷最后的钱粮供应地山西起进攻。
对于吴越抽调云贵境内吴军北上的这个决定，云贵总督吴振械、云南巡抚桑春荣和贵州巡抚刘源灏都寄书表示了强烈反对，无不担心这么做会导致贼势复燃。而早就被云贵战场拖后腿拖得满肚子火气的吴越却根本不听，给吴振械等人的回书上也明白说道：“再有贼军复起，你们先收拾，收拾不了也没关系，等我打下了京城平定了乱党，再回过头