起义军，见华人武装开始攻城，也开始暴动！在他们和大汉国的陆、海军的联合攻击下，马尼拉城里的西班牙军队群龙无首，还遭到内外夹击，刚开始还很拼命抵抗，后来，夏天岛上的天气湿热，很多西班牙士兵患上了热疫，大汉军舰队封锁了菲律宾附近的海域，不允许任何商船进入，缺医少药的西班牙陆军又苦无外援，竟然象征性的抵抗一下之后，就宣布停火，向大汉国投降。
曾纪泽派刘永福率兵驻守菲律宾。这时，菲律宾王室的“苏丹”派人送信给刘永福，要求菲律宾自立，恢复王位。刘永福一听，火大了，训斥使者：“妈的个巴子，老子带领黑旗军兄弟出生入死，浴血奋战，辛辛苦苦赶走西班牙人，你一个十二三的小毛孩自立个屁呀”，随即，刘永福解除苏丹和土著的武装，把菲律宾的土著和王室赶到了深山老林中，要求菲律宾独立的分裂分子，被刘永福屠杀了上千人，从此他在菲律宾得了一个“刘屠夫”的外号，菲律宾的小孩，听到刘永福的大名，都吓得哭不出来！
不久，曾纪泽随即宣布在菲律宾群岛设置总督府，刘永福当菲律宾总督，由移民到当地的华人组建政府，又陆续从江浙和两广，还有婆罗洲，移民百万人，华人位为菲律宾第一等人，享受法律特权。为了开发菲律