谋若干，由他直接领导。曾纪泽还在淮军中加入一种“训导制度”，
为将来的战争需要，各级训导官负责将官的思想教育工作，重点教授士兵们读书写字，要为士兵们灌输军人以服从命令为天职的思想，为他们讲解《淮军纪律典章》，并向他们讲述满清当年入关屠杀汉人的历史，什么嘉定三屠，扬州十日，都详细地讲，还有乾隆当年大兴的文字狱，让淮军将官们充分认清满清统治的残暴，煽动他们的反清情绪。同时，为他们解释曾纪泽所制定的包括土地改革的各项利民措施，增强他们对曾纪泽的崇拜，鼓励他们为了保卫自己的利益而战斗。
至此，曾纪泽做通了绝大多数人的思想工作，除了李鸿章！李鸿章虽不掌兵权，但他跟随着曾纪泽创立淮军，帮着他建起人才汇聚的幕府，诸多的人事任命，他也参与其中，可以说，李鸿章在江苏官府以及淮军中的影响力是不容忽视的。
对李鸿章这个人，曾纪泽对他的了解越多，越觉得这种人虽然聪明，但捉摸不定。一度曾纪泽想将李鸿章在乱军中干掉算了，但最终曾纪泽觉得李鸿章还是个人才，争取过来还是大有用处的。
到了最后的时刻，曾纪泽决定跟李鸿章摊牌，他觉得李鸿章是个聪明人，应该知道怎么选！