督钦差大臣督办西域军务，统筹西征粮、饷、兵各事。
已到垂暮之年的左宗棠临危授命，果断地挑起重担。
他针对西域的实际地理条件，一改前钦差大臣景廉制定的进军方案，认为“北可制南，南不能制北”，决定先收复阿古柏占领的北疆地区，使俄国交还伊犁时“无所藉口”。然后“下兵南路”，“则南路大局亦可速定。”
随后，左宗棠又组织了庞大的军粮采运机构，还请求在上海成立西征转运局，吴王曾纪泽决定支持左宗棠西征，不仅同意左宗棠在上海设立西征转运局，还帮助左宗棠通过“举外债、借商款”等办法，更换了出关各路人马的武器、装备。
1876年，经过近三年的筹备，左宗棠正式移节嘉峪关附近的肃州坐镇指挥，并奏明朝廷，“其前路进止机宜，悉委总统湘军刘锦棠相机酌度。”
刘锦棠当时年届而立，是三品京卿衔的老湘军统领，实际职务仅仅是四品西宁兵备道。左宗棠把前敌统帅的大权交给一个名不见经传的小小兵备道，此举不仅在清军内部产生不同程度的反响，也让侵略者疑惑。
刘锦棠重任在肩，很快便统率西征主力出关了。
当时，阿古柏进疆仅九个月的时间，竟连