巡幸时，沿途两边的民众是应当跪着的。而守护天皇的警察都背向街道肃立，两眼紧盯着人群。
当明治天皇的车队来到樱田门外警察署前转弯处，几辆马车果然减，跪伏在臣民人堆中的小林多西二，突然跃起，将自制的炸弹磕火，全力向天皇的马车投了出去。
不料，走到前面的马车，不是天皇的座车。只听轰然一声巨响，马车被炸碎的碎片四处飞溅，副车的车夫当即被炸死，车上的人也被炸成重伤。坐在后面马车上的明治天皇躲过一劫，但听到爆炸声后，却惊慌失措，差一点摔出车外。驾车的驭马见状立即挥鞭催马，拉着天皇直奔樱田门内。
刺杀明治天皇未果的小林多西二当场被捕，并被押至警察署。他拒不回答警察的询问，反而一直询问天皇死了没有，结果遭到了日本警察惨无人道的酷刑。
最后，小林多西二供出了加藤嘉一，两人都被判处死刑。
日本社会党立即通过它控制的报纸《旗帜报》表声明，警告政府不得杀害小林多西二和加藤嘉一，如若不然将举行全国性的暴动。但日本政府认为刺杀天皇，罪不容诛，死罪难饶，将小林多西二和加藤嘉一活活绞死，而且不允许民众为他们收尸体。
并且，日本政府开始