可是这样一来，就会走漏风声，当上级调查组下来查案时，曾经的线索和证人往往就会被当地掩盖住，原有的问题查不到了。这样不但影响办案速度，甚至会造成查无实据，最终不了了知。中纪委、监察部曾经多次经历这种情况。
第二种情况，发现一些干部有廉政问题，但还没有掉下去，不是很严重的。对于这样的人，不是一棒子打死，顶多提出警告，亮个黄牌，要求自改。比如，涉及省委主要领导同志本人的问题，如果是一般性的，经中纪委、最高组织部领导同意后，巡视组要与他们谈话提醒，引起他们的警惕。而对个别班子成员存在的一些问题或不良反映，除在反馈时不点名指出之外，必要时还要找他们本人个别谈话。这样的处理方式，虽然短时间内很有效果，会得到本人或者当地领导班子的重视，但时间一久，当巡视组离开后，上级监督松泄后，他们的问题又会爆发出来，等于巡视工作没起到任何的效果。
正是在这两种情况下，上级领导为了增加反腐败的强度和重要性，将巡视组的职责进行了一些改革，由只是调查了解情况转移到发现重大问题可以急时处理，巡视组在证据、证人都很齐全的情况下，有权马上对当事人进行处理，并且通报案情，第一时间成立专案组进行查案。