一直以来都很不满北条氏，便趁机投靠后醍醐天皇，攻陷了幕府设立在京都的一个用来监视扶桑天皇，统领扶桑西部的政权机关，叫做六波罗探题。
北条守时虽然是幕府名义上的掌权人，但因为他的妹夫背叛了幕府，他就被一个名叫北条高时的人软禁了。
不久，扶桑各地守护大名纷纷举兵讨伐幕府，这个时候，北条守时为了表明自己不会背叛幕府，率军作战，结果寡不敌众，自杀而亡。
随后，幕府所在地的镰仓，被讨幕大军攻破，北条高时与其他北条氏一门，不想做俘虏，就全都自杀了。
后醍醐天皇回到京都，不承认当时的天皇，废除了幕府，独揽大权，所有官员都由他来任免。
因为足利高氏功劳很大，后醍醐天皇就赐了一个名字给足利高氏，叫做足利尊氏。
两年后，足利尊氏借镇压叛乱的机会去了扶桑东部，在平乱过后，不回京都，而是留在镰仓，自行封赏手下，与后醍醐天皇作对。
后醍醐天皇大怒，派兵征讨，结果惨败，被足利尊氏率军逼近京都。幸亏这个时候，有两个扶桑名将，一个叫楠木正成，一个叫北?显家，在京都附近击败了足利尊氏。
足利尊氏被迫逃亡扶桑九