明军战船撤离后，耿仲明派去的兵马，则在岸边建立了简易阵地，阻挡彭友谟的撤退，当彭友谟赶到岸边的时候，战船已经离开岸边，而且岸边还有不少叛军，若想回到站船上，只能先把这一股叛军击败，然后等到战船靠近才行，这个过程需要耗费大量的时间。
然而撤退行动最需要的就是时间，自己手底下只有不到三千人，叛军在莱州城的兵马不知道有多少，但是两万肯定是有的，甚至四五万都有可能，如果时间拖得久了，叛军调集围城的兵马过来，自己的兵马多半会损失惨重，甚至全军覆没。
思虑再三，彭友谟决定放弃回到战船上的计划，而是进入莱州城。
彭友谟没有选择从北门入城，于是就率军绕了一个圈子，绕到了莱州城东门，从东门进入莱州城，中途耿仲明试图上帅军阻拦，但是麾下新兵太多，战斗力不行，根本挡不住，入城的时候，守城的明军还操纵着火炮进行掩护，没法快速追击，最后眼睁睁的看着彭友谟率军进入了莱州城。
战后统计，耿仲明部伤亡一千出头，明军的尸体却只有不到四百具，不过好在彭友谟为了快速突围进入莱州城，所携带的火炮基本都没带走，一共二十五具佛郎机，总的来说，这一战亏得并不多。