长，就更加难以剿灭了。
紧接着，又传来扬州被倭寇攻陷，数千进攻至南京城，甚至攻破外郭城的消息，若不是南京方面竭力抵抗，估计南京城已经陷落。
更有消息指出，此次事件乃是孔有德所部叛军，假扮倭寇所为，虽然没有完全确认，但是诸多迹象表明，孔有德假扮倭寇袭击南京的可能性最大。
这个消息一出，更是坐实了孔有德妄图攻陷南京，以南京为根基称帝造反，推翻朝廷的野心，在这样的情况下，很多处于中立态度的官员，也纷纷上书请求派遣大军平叛，以免叛军坐大，后患无穷。
可能是皇帝也感受到了巨大的威胁，本来由于很久的情况下，毅然决然的做出了出兵平叛的决定，同时获知建奴也刚刚进攻林丹汗，暂时无法集结兵力再来一次大规模进攻，于是就下令抽调边军，关宁军，和部分京营出兵平叛。
这个过程也不是那么顺利，内阁首辅周延儒，兵部尚书熊明玉，礼部尚书徐光启等还是主张招抚，但次辅温体仁，户部尚书毕自严，大理寺少卿王与胤等坚决反对，认为如不彻底剿灭，必将招致大，甚至不亚于己巳之变。
当然，似然双方的矛盾巨大，但大家都是文明人，可不会亲自下场参与，都由他们