药神殿的人数在三大门宗之中是最多的，纵然是昆仑宫也比不上。这一点，得益于药神殿的开放性，以及对修行界的管理性，加上能够炼制大量丹药。
曾经一度元灵之气濒临枯竭，要想提升修为，丹药是最大的指望，庞大的修行界多数人要看药神殿脸色。
正是因为这一点，药神殿的人数得到了极大的补充。
因为人多了，内部的机构自然要根据不同的性质进行划分。实际上，这些机构早就有了，只是随着人数增多，而重新得到了补充。
如药圣座，神草座，这两个是药神殿最古老的组织结构，药圣座顾名思义是专门炼制丹药的。
而神草座是专门寻觅药草的。
近年来，药草数量大量减少，神草座工作困难，药圣座在炼制丹药的时候，又对材料存在浪费过度的情况。
这两大座关系处的非常紧张，曾经一度发生过矛盾。
后来出现了一个指教殿，指教殿是一个管理机构，专门平衡药圣座和神草座，在指教座的平衡下，药圣座和神草座也算化干戈了。
但自此以后，药圣座也分出一些弟子去寻觅药草，而神草座也分出弟子炼制丹药。两大座的业务发生了一些重合。