从皇城中传出了皇太子重新部署南直隶和湖广各地兵力的令旨：
天武军皇家第一旅驻扎六安州，第二旅驻扎凤阳城，第三旅守太平府、杨御蕃领两万凤阳守军移驻庐州府、史可法领军守安庆府、池州府、张国维守应天府。
左良玉部驻九江府，防御宿松、太湖一带；刘良佐部驻武昌府，防御黄石、大冶一带，各部围绕霍山和英山，将流寇困死在山上，让他们吃土！
黄得功领皇家第一旅开始对霍山周围的一些小股流寇和匪寨进行清剿，周遇吉的皇家第三旅则是部分驻守在江南军器总局和铁厂周围，剩下部分散出去，对太平府境内的流贼和匪寨进行围剿。
朱慈烺又将凤阳府、庐州府和太平府以户为单位编组，十户为一甲，设甲长一名，十甲为一里，设里长，其实就是将大明的里甲制翻新实施了，大明中后期，逃亡民户越来越多，里甲制崩坏，名存实亡。
朱慈烺在安定民户后，参照宋朝的保甲制，重新丰富了里甲制，以连坐方式，一家通贼，其余九家要举报，若不举报，十家连坐！这样既可以有效地对基层实行治理，又可以揪出隐藏在人群中的流贼耳目。
朱慈烺又颁下令旨，凤阳府各城池中设环卫部门，定期清理城中垃